絶滅危惧ⅠA類（CR） 9種
| ヒメミズゴケ | Sphagnum fimbriatum |
| コバノホソベリミズゴケ | Sphagnum junghuhnianum ssp. pseudomolle |
| オオミズゴケ | Sphagnum palustre |
| クロゴケ | Andreaea rupestris var. fauriei |
| クマノチョウジゴケ | Buxbaumia minakatae |
| ヤマトハクチョウゴケ | Campylostelium brachycarpum |
| エゾチョウチンゴケ | Trachycystis flagellaris |
| コキジノオゴケ | Cyathophorum hookerianum |
| レイシゴケ | Myurella sibirica |
絶滅危惧ⅠB類（EN） 7種
| ジョウレンホウオウゴケ | Fissidens geppii |
| ナミシッポゴケ | Dicranum polysetum |
| イボエチャボシノブゴケ | Pelekium contortulum |
| ヒロハシノブイトゴケ | Trachycladiella aurea |
| ヒメタチヒラゴケ | Homaliadelphus targionianus var. rotundatus |
| カトウゴケ | Palisadula katoi |
| タカサゴソコマメゴケ | Jackiella javanica |
絶滅危惧Ⅰ類（CR+EN） 5種
| タチチョウチンゴケ | Orthomnion dilatatum |
| ツブツブヘチマゴケ | Pohlia drummondii |
| キダチクジャクゴケ | Dendrocyathophorum decolyi |
| キャラハゴケモドキ | Taxiphyllopsis iwatsukii |
| シャンハイハネゴケ | Plagiochila shangaica |
絶滅危惧Ⅱ類（VU） 5種
| ウチワチョウジゴケ(キセルゴケ) | Buxbaumia aphylla |
| サンカクキヌシッポゴケ | Seligeria patula var. alpestris |
| キンシナガダイゴケ | Trematodon ambiguus |
| オヤコゴケ | Schistochilopsis cornuta |
| ヤハズハネゴケ | Plagiochila furcifolia |
準絶滅危惧（NT） 20種
| ヤマコスギゴケ | Pogonatum urnigerum |
| クマノゴケ | Diphyscium lorifolium |
| イリオモテホウオウゴケ | Fissidens bogoriensis |
| ホンコンホウオウゴケ | Fissidens oblongifolius |
| チャイロホウオウゴケ | Fissidens pellucidus |
| ヒメイサワゴケ | Syrrhopodon armatus |
| オウムゴケ | Hymenostylium recurvirostre |
| センボンゴケ | Pottia intermedia |
| イワマホンモンジゴケ | Scopelophila ligulata |
| センボンウリゴケ | Timmiella anomala |
| イワノコギリゴケ | Duthiella wallichii |
| カワブチゴケ | Cyptodontopsis leveillei |
| サイシュウヒラゴケ | Neckera fauriei |
| コメリスンゴケ | Neckera flexiramea |
| セイナンヒラゴケ | Neckeropsis calcicola |
| キブリハネゴケ | Pinnatella makinoi |
| ケサガリゴケ | Neobarbella comes var. pilifera |
| イチョウウキゴケ | Ricciocarpos natans |
| カビゴケ | Leptolejeunea elliptica |
| ヒラキバミゾゴケ | Marsupella emarginata subsp. tubulosa var. patens |
情報不足（DD） 23種
| ハリミズゴケ | Sphagnum cuspidatum |
| ケスジスギゴケ | Pogonatum dentatum |
| シモフリゴケ | Racomitrium lanuginosum |
| マユハケゴケ | Campylopus fragilis |
| コウヤノマンネングサ | Climacium japonicum |
| ササオカゴケ | Sasaokaea aomoriensis |
| ヌマシノブゴケ | Helodium paludosum |
| ホソヒモゴケ | Meteorium papillarioides |
| コウライイチイゴケ | Taxiphyllum alternans |
| オオミツヤゴケ | Entodon conchophyllus |
| モロハヒラゴケ | Neckera nakazimae |
| イヌコクサゴケ | Neobarbella comes |
| ウキゴケ | Riccia fluitans |
| ケフタマタゴケ | Metzgeria pubescens |
| フチドリスジゴケ | Riccardia marginata var. pacifica |
| イボテングサゴケ | Riccardia tamariscina |
| サンカククラマゴケモドキ | Porella densifolia var. robusta |
| ヨウジョウゴケ | Cololejeunea trichomanis |
| ツジベゴヘイゴケ | Tuzibeanthus chinensis |
| ミジンコヤバネゴケ | Cephalozia zoopsioides |
| シロコオイゴケ | Diplophyllum albicans |
| イチョウゴケ | Tritomaria exsecta |
| ヒロハホラゴケモドキ | Metacalypogeia cordifolia |