絶滅危惧ⅠA類（CR） 14種
| カワヤツメ | Lethenteron japonicum |
| スナヤツメ（南方種） | Lethenteron sp.S. |
| ヌマムツ | Candidia sieboldii |
| ズナガニゴイ | Hemibarbus longirostris |
| イシドジョウ | Cobitis takatsuensis |
| チュウガタスジシマドジョウ | Cobitis striata striata |
| ゴギ | Salvelinus leucomaenis imbrius |
| サケ | Oncorhynchus keta |
| サクラマス | Oncorhynchus masou masou |
| サツキマス | Oncorhynchus masou ishikawae |
| ニホンイトヨ | Gasterosteus nipponicus |
| カジカ（大卵型） | Cottus Pollux |
| カジカ（中卵型） | Cottus sp. ME |
| イシドンコ | Odontobutis hikimius |
絶滅危惧ⅠB類（EN） 14種
| ヤリタナゴ | Tanakia lanceolata |
| モツゴ | Pseudorasbora parva |
| ドジョウ | Misgurnus anguillicaudatus |
| オオシマドジョウ | Cobitis sp. BIWAE type A |
| ヤマトシマドジョウ種群 | Cobitis sp. 'yamato' species complex， |
| ナマズ | Silurus asotus |
| アカザ | Liobagrus reini |
| シラウオ | Salangichthys microdon |
| ミナミメダカ | Olyzias latipes |
| オヤニラミ | Coreoperca kawamebari |
| アオギス | Sillago parvisquamis |
| イドミミズハゼ | Luciogobius pallidus |
| ルリヨシノボリ | Rhinogobius mizunoi |
| クロヨシノボリ | Rhinogobius brunneus |
絶滅危惧Ⅱ類（VU） 4種
| ニホンウナギ | Anguilla japonica |
| アブラボテ | Tanakia limbata |
| カマキリ | Cottus kazika |
| カワアナゴ | Eleotris oxycephala |
準絶滅危惧（NT） 3種
| イトモロコ | Squalidus gracilis gracilis |
| シロウオ | Leucopsarion petersi |
| オオヨシノボリ | Rhinogobius fluviatilis |
情報不足（DD） 9種
| オオキンブナ | Carassius buergeri buergeri |
| カワヒガイ | Sarcocheilichthys variegatus variegatus |
| コウライモロコ | Squalidus chankaensis tsuchige |
| ワカサギ | Hypomesus nipponensis |
| ユゴイ | Kuhlia marginata |
| ヒモハゼ | Eutaeniichthys gilli |
| スミウキゴリ | Gymnogobius petschiliensis |
| ウキゴリ | Gymnogobius urotaenia |
| ビリンゴ | Gymnogobius breunigii |